6  Публикационная система Quarto

6.1 О воспроизводимости

Полученный в результате количественных исследований результат должен быть проверяем и воспроизводим. Это значит, что в большинстве случаев недостаточно просто рассказать, что вы проделали. Теоретически читатель должен иметь возможность проделать тот же путь, что и автор: вопроизвести его результаты, но в обратном направлении.

На заметку

Воспроизводимость (reproducibility) – это не то же, что повторяемость (replicability). Ученый, который повторяет исследование, проводит его заново на новых данных. Воспроизведение – гораздо более скромная задача, не требующая таких ресурсов, как повторение (Winter 2020, 47).

Для этого должны выполняться три основных требования:

  • доступность данных и метаданных;
  • доступность компьютерного кода;
  • доступность программного обеспечения.

Уже на этапе планирования исследования очень важно продумать, как вы будете его документировать. Важно помнить, что код пишется не только для машин, но и для людей, поэтому стоит документировать не только то, что вы делали, но и почему. R дает для этого множество возможностей, главная из которых – это Markdown.

6.2 Markdown

Markdown – это облегчённый язык разметки. Он позволяет создавать документы разного формата – не только HTML (веб-страницы), но и PDF и Word. Markdown дает возможность создания полностью воспроизводимых документов, сочетающих код и поясняющий текст. Этот язык используется для создания сайтов, статей, книг, презентаций, отчетов, дашбордов и т.п. Этот курс написан с использованием Markdown.

Чтобы начать работать с документами .rmd, нужен пакет rmarkdown; в RStudio он уже предустановлен. Создание нового документа .rmd происходит из меню.

По умолчанию документ .rmd снабжен шапкой yaml. Она не обязательна. Здесь содержатся данные об авторе, времени создания, формате, сведения о файле с библиографией и т.п.

---
title: "Demo"
author: "My name"
date: "2024-10-10"
output: html_document
---

Также в документе .rmd скорее всего будет простой текст и блоки кода. Чтобы “сшить” html (pdf, doc), достаточно нажать кнопку knit либо запустить в консоли код: rmarkdown::render("Demo.Rmd"). После этого в рабочей директории появится новый файл (html, pdf, или doc), которым можно поделиться с коллегами, грантодателями или друзьями.

6.3 Quarto

Работать с маркдауном мы будем, используя издательскую систему Quarto с открытым исходным кодом. Она позволяет создавать и публиковать статьи, презентации, информационные панели, веб-сайты, блоги и книги в HTML, PDF, MS Word, ePub и других форматах. В общем, обычный Markdown тоже позволяет все это делать, но чуть сложнее. Quarto объединяет различные пакеты из экосистемы R Markdown воедино и значительно упрощает работу с ними. Подробнее см. практическое пособие “Научно-издательская система Quarto”.

Задание

Создайте новый .qmd документ. Потренируйтесь запускать код и сшивать документ в .html, .pdf, .docx.

Для .pdf может понадобиться установка LaTeX.

# install.packages("tinytex")
tinytex::install_tinytex()
# to uninstall TinyTeX, run
# tinytex::uninstall_tinytex()

Можно указать сразу несколько форматов для файла, как показано здесь, и “сшить” их одновременно:

quarto::quarto_render(
  "untitled.qmd", 
  output_format = c("pdf", "html", "docx")
)

6.4 Шапка YAML

Основные параметры документа хранятся в YAML-шапке. К ним относятся format, title, subtitle, date, date-format, author, abstract, lang, toc, number-sections и другие.

Попробуйте изменить шапку своего .qmd-документа и заново его сшить. Сравните с предыдущей версией.

---
title: "Заголовок"
subtitle: "Подзаголовок"
format: html
author: locusclassicus
date: today
date-format: D.MM.YYYY
abstract: Значенье бублика нам непонятно.
lang: ru
toc: true
number-sections: true
---

Поле execute позволяет задать параметры всех фрагментов кода в документе, например:

---
execute:
  echo: false
  fig-width: 9
---

Но для отдельных кусков кода эти настройки можно поменять:

```
#| echo: true

sqrt(16)
```

Параметр df-print позволяет выбрать один из возможных способов отображения датафреймов:

  • default — стандартный, как в консоли;
  • tibble — стандартный, как в консоли, но в формате tibble;
  • kable — минималистичный вариант, подходит для всех видов документов;
  • paged — интерактивная таблица, подходит для html страниц.

6.5 Синтаксис Markdown

6.5.1 Заголовки

Заголовки разного уровня задаются при помощи решетки:

# Заголовок первого уровня
## Заголовок второго уровня
### Заголовок третьего уровня
#### Заголовок четвёртого уровня

Пример заголовка третьего уровня:

6.5.2 Форматирование

*курсив*  
_курсив_

**полужирный**  
__полужирный__

***полужирный курсив***  
___полужирный курсив___

~~зачеркнутый~~

<mark>выделение</mark>

Пример:

курсив

полужирный

уж и не знаю как выделить

зачеркнутый

выделение

6.5.3 Списки

Нумерованный список

1. Пункт первый
2. Пункт второй
3. Пункт третий

Пример:

  1. Пункт первый
  2. Пункт второй
  3. Пункт третий

Маркированный список

- Пункт первый
- Пункт второй
- Пункт третий

Пример:

  • Пункт первый
  • Пункт второй
  • Пункт третий

Также Markdown позволяет делать вложенные списки:

1. Пункт первый
    - Подпункт первый
    - Подпункт второй
2. Пункт второй

Пример:

  1. Пункт первый
    • Подпункт первый
    • Подпункт второй
  2. Пункт второй

Самое удобное, что элементы списка не обязательно нумеровать:

(@) Пункт первый.
(@) Пункт не знаю какой.
  1. Пункт первый.
  2. Пункт не знаю какой.

6.5.4 Ссылки

[Текст ссылки](http://antibarbari.ru/)

Пример:

Текст ссылки

6.5.5 Изображения

![Текст описания](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/30/Holbein-erasmus.jpg/548px-Holbein-erasmus.jpg)

Пример:

Моя картинка

Два нюанса:

  • можно давать ссылки на локальные файлы (то есть такие файлы, которые хранятся на компьютере), но имейте в виду, что такой код не будет работать у другого пользователя;
  • изображения можно вставлять, пользуясь непосредственно разметкой html.
<img src="images/my_image.jpg" width=40%>

6.5.6 Блоки кода

Можно вставлять непосредственно в текст; для этого код выделяют одинарным обратным апострофом (грависом). Но чаще код дают отдельным блоком. Эти блоки можно именовать; тогда в случае ошибки будет сразу понятно, где она случилась.

```{}
some code here
```

В фигурных скобках надо указать язык, например {r}, только в этом случае код будет подсвечиваться и выполняться.

Там же в фигурных скобках можно задать следующие параметры:

  • eval = FALSE код будет показан, но не будет выполняться;
  • include = FALSE код будет выполнен, но ни код, ни результат не будут показаны;
  • echo = FALSE код будет выполнен, но не показан, результаты при этом видны;
  • message = FALSE или warning = FALSE прячет сообщения или предупреждения;
  • results = 'hide' не распечатывает результат, а fig.show = 'hide' прячет графики;
  • error = TRUE “сшивание” продолжается, даже если этот блок вернул ошибку.

6.5.7 Цитаты

> Omnia praeclara rara.

Пример:

Omnia praeclara rara.

Цитата с подписью может быть оформлена так:

> Omnia praeclara rara.
>
> --- Cicero

Пример:

Omnia praeclara rara.

— Cicero

6.5.8 Разделители

Чтобы создать горизонтальную линию, можно использовать ---, *** или ___.

Пример:

6.5.9 Таблицы

Таблицы можно задать вручную при помощи дефисов - и вертикальных линий |; идеальная точность при этом не нужна. Перед таблицей обязательно оставляйте пустую строку, иначе волшебство не сработает.


| Фрукты   | Калории  |
| -----  | ---- |
| Яблоко   | 52  |
| Апельсин | 47  |

Пример:

Фрукты Калории
Яблоко 52
Апельсин 47

По умолчанию Markdown распечатывает таблицы так, как они бы выглядели в консоли.

data("iris")
head(iris)

Для дополнительного форматирования можно использовать функцию knitr::kable():

knitr::kable(iris[1:6, ], caption = "Таблица knitr")
Таблица knitr
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
5.4 3.9 1.7 0.4 setosa

Интерактивную таблицу можно создать так:

DT::datatable(iris[1:6,])

6.5.10 Чек-листы

- [x] Таблицы
- [ ] Графики

Пример:

6.5.11 Внутренние ссылки

Удобны для навигации по документу. К названию любого раздела можно добавить {#id}.

[Вернуться к чек-листам](#id)

Пример:

Вернуться к чек-листам

6.5.12 Графики

Markdown позволяет встраивать любые графики.

library(ggplot2)
ggplot(aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, col = Species), data = iris) +
  geom_point(show.legend = F)

Для интерактивных графиков понадобится пакет plotly:

library(plotly)
plot_ly(data=iris, x = ~Sepal.Length, y = ~Petal.Length, color = ~Species)

Подробное руководство по созданию интерактивных графиков можно найти на сайте https://plotly.com/r/.

6.5.13 Математические формулы

Пишутся с использованием синтаксиса LaTeX, о котором можно прочитать подробнее здесь.

Формулы заключаются в одинарный $, если пишутся в строку, и в двойной $$, если отдельным блоком.

\cos (2\theta) = \cos^2 \theta - \sin^2 \theta

Вот так это выглядит в тексте: \(\cos (2\theta) = \cos^2 \theta - \sin^2 \theta\).

А вот так – блоком:

\[\cos (2\theta) = \cos^2 \theta - \sin^2 \theta\]

6.5.14 Смайлы

Удобнее вставлять через визуальный редактор (“шестеренка” > Use Visual Editor), но можно и без него:

# devtools::install_github("hadley/emo")
library(emo)
emo::ji("apple")
🍎

Код можно записать в строку, тогда смайл появится в тексте: 💀.

6.6 Библиография

Markdown позволяет добавлять библиографию в формате BibTeX. BibTeX — программное обеспечение для создания форматированных списков библиографии; обычно используется совместно с LaTeX’ом. Многие сайты, например GoogleScholar, позволяют экспортировать библиографические записи в формате BibTeX. При необходимости запись можно исправить вручную.

Каждая запись имеет следующую форму.

@book{winter2020,
  author = {Bodo Winter},
  title = "{Statistics for Linguists: An Introduction Using R}",
  year = {2020},
  publisher = {Routledge}
}

Здесь book — тип записи («книга»), winter2020 — метка-идентификатор записи, дальше список полей со значениями.

Одна запись описывает ровно одну публикацию статью, книгу, диссертацию, и т. д. Подробнее о типах записей можно посмотреть вот здесь.

Подобные записи хранятся в текстовом файле с расширением .bib. Чтобы привязать библиографию, нужно указать имя файла в шапке yaml.

---
bibliography: bibliography.bib
---

Дальше, чтобы добавить ссылку, достаточно ввести ключ публикации после @ (в квадратных скобках, чтобы публикация отражалась в круглых): [@wickham2016].

Пример:

(Wickham и Grolemund 2016).

Можно интегрировать BibTex с Zotero или другим менеджером библиографии. Для этого придется установить специальное расширение.

Чтобы изменить стиль цитирования, необходимо добавить в шапку yaml название csl-файла (CSL - Citation Style Language), например:

---
output: html_document
bibliography: references.bib
csl: archiv-fur-geschichte-der-philosophie.csl
---

Найти необходимый csl-файл можно, например, в репозитории стилей Zotero.

6.7 Публикация html

Для публикации на RPubs понадобится установить пакеты packrat, rsconnect.